En los confines más lejanos del mundo, la magia aún existe, encarnada por espíritus de la tierra, del cielo y de todas las cosas naturales. Conforme las grandes potencias de Europa extienden sus imperios coloniales cada vez más lejos, inevitablemente reclamarán un lugar donde los espíritus aún poseen poder - y cuando lo hagan, la tierra misma contraatacará junto con los isleños que ahí habitan.

Spirit Island es un complejo y temático juego cooperativo sobre defender tu hogar isleño de los invasores colonizadores. Los jugadores controlan distintos espíritus de la tierra, cada uno con sus propios poderes elementales únicos. Cada turno, los jugadores eligen simultáneamente qué cartas de poder jugar, pagando energía para hacerlo. Usar combinaciones de cartas de poder que coincidan con las afinidades elementales del espíritu puede otorgar efectos bonificados gratuitos. Los poderes más rápidos toman efecto inmediatamente, antes de que los invasores se propaguen y devasten, pero otras magias son más lentas, requiriendo previsión y planificación para usarse efectivamente. En la fase de espíritus, los espíritus ganan energía y eligen cómo / si desean crecer: reclamar cartas de poder usadas, buscar nuevo poder, o extender su presencia a nuevas áreas de la isla.

Los invasores se expanden por el mapa de la isla de forma semi-predecible. Cada turno exploran algunas tierras (porciones de la isla); el próximo turno, construyen en esas tierras, formando pueblos y ciudades. El turno posterior, devastan ahí, trayendo maldición a la tierra y atacando a cualquier isleño nativo presente. Los isleños contraatacan contra los invasores cuando son atacados, y prestan a los espíritus otra ayuda, pero quizás no siempre exactamente como esperabas. Algunos poderes funcionan a través de los isleños, ayudándolos, por ejemplo, a expulsar a los invasores o limpiar la tierra de maldición.

El juego se intensifica conforme progresa: los espíritus extienden su presencia a nuevas partes de la isla y buscan poderes nuevos y más potentes, mientras que los invasores intensifican sus esfuerzos de colonización. Cada turno representa 1-3 años de historia alternativa. Al inicio del juego, ganar requiere destruir cada explorador, pueblo y ciudad en el tablero - pero conforme asustas más y más a los invasores, la victoria se hace más fácil: huirán incluso si exploradores o incluso pueblos y ciudades permanecen. La derrota llega si algún espíritu es destruido, si la isla está inundada por maldición, o si el mazo de invasores se agota antes de lograr la victoria.

El juego incluye distintos adversarios para combatir (por ejemplo, una colonia minera sueca, o una colonia británica remota). Cada uno cambia el juego de diferentes maneras, y ofrece un camino distinto de mejoras de dificultad para mantener el juego desafiante conforme ganas habilidad.