Es finales del siglo XXVI. La Tierra se está recuperando de una explosión catastrófica que exterminó a la mayoría de la población hace siglos e hizo la mayoría de la superficie inhabitable debido a condiciones climáticas sobrenaturales. Los humanos supervivientes se organizaron en cuatro ideologías radicalmente diferentes, llamadas Caminos, para reconstruir el mundo como lo ven: Armonía, Dominancia, Progreso y Salvación. Los seguidores de los cuatro Caminos viven en una paz frágil, pero en casi completo aislamiento el uno del otro. Su único punto de encuentro es la última ciudad importante de la Tierra, ahora simplemente conocida como la Capital.

Al potenciar las misteriosas Grietas de Tiempo que se abrieron tras el cataclismo, cada Camino puede alcanzar momentos específicos en su pasado. Hacerlo puede acelerar enormemente su progreso, pero demasiada interferencia puede poner en peligro el continuum del tiempo. Pero el progreso es más importante que nunca: si el mensaje misterioso que llega a través de la Grieta de Tiempo es creíble, un cataclismo aún más terrible se cierne en el horizonte: un asteroide portando la sustancia misteriosa llamada Neutronium se dirige hacia la Tierra. Aún más extraño, los científicos muestran que la firma de energía del asteroide coincide con la explosión hace siglos...

Anachrony presenta un sistema único de colocación de trabajadores de dos niveles. Para viajar a la Capital o aventurarse en las áreas devastadas por recursos, los jugadores necesitan no solo varios especialistas (Ingenieros, Científicos, Administradores y Genios) sino también Trajes Exo para proteger y mejorarlos — y ambos están en corta oferta.

El juego se juega en 4-7 turnos, dependiendo de cuándo ocurra el cataclismo inminente — ¡a menos que, por supuesto, sea evitado! Los turnos transcurridos se miden en una línea de tiempo dinámica. Al potenciar las Grietas de Tiempo, los jugadores pueden alcanzar turnos anteriores para proveer a su "yo" pasado con recursos. Cada Camino tiene un objetivo vastamente diferente que lo recompensa con una cantidad masiva de puntos de victoria cuando se logra. Los asentamientos de los Caminos sobrevivirán al impacto, pero la Capital no. Cualquiera que sea el Camino que logre recopilar más puntos será la nueva sede para la Capital, así la fuerza más importante que queda en el planeta...