Gaia Project: The Lost Fleet es una expansión para Gaia Project, que incluye:

• Cuatro nuevas facciones: Darkanians, Mowyed, Space Giants y Tinkeroids, que corresponden a 2 nuevos tipos de planetas: protoplanetas y asteroides.
• Nuevos diseños de mapa que incluyen huecos donde se colocarán las naves de la flota perdida y algunos nuevos tipos de planetas.
• Nuevas losetas de sector más pequeñas (sectores de "interespacio" y "espacio profundo") que contienen los nuevos tipos de planetas.
• Nuevas naves de la flota perdida para explorar, lo que permite acceder a nuevos espacios de acción, tecnologías, losetas de tecnología y fichas de federación. Ya no hay acciones de Q.I.C. estándar; las acciones de Q.I.C. ahora solo están disponibles en las naves.
• 3 nuevas losetas de tecnología estándar y 6 nuevas losetas de tecnología avanzada.
• 4 nuevos potenciadores de ronda.
• 3 nuevas losetas de puntuación de ronda.
• 3 nuevas losetas de puntuación final.
• Cierto balanceo de facciones (recursos iniciales, ingresos, acciones adicionales o costos diferentes para explorar una nave); los Lantids obtienen losetas de cobertura para su PI (1-3 jugadores).

Una implementación en webapp del Automa en solitario para la expansión The Lost Fleet está disponible.